2005年，厦门大学“985工程”（Ⅱ）--“宏观经济分析与预测” 哲学社会科学创新基地建设项目正式启动，厦门大学王亚南经济研究院正式成立。研究院是在创新基地的基础上启动和发展起来的。圆满完成创新基地所提出的各项任务，是研究院今后三年的阶段性目标，这也将为研究院的长期发展奠定坚实的基础。
　　王亚南经济研究院力争在不太长的时间内成为亚太地区和中国一流的、与国际接轨的现代经济学研究机构，将致力于：
　　◆在国际顶尖和一流经济学期刊上积极发表论文；
　　◆在国内顶尖和一流经济学期刊上积极发表论文；
　　◆培养一批一流精干的中青年经济学家，塑造WISE品牌；
　　◆成为亚太地区一个有影响的经济学国际交流中心；
　　◆使厦门大学经济学科在一些主要领域，即计量经济学、金融学、宏观经济学、政治经济学等研究在国内处于顶尖地位，在国外有一定的影响；
　　◆成为国家和地方社会经济发展重要的“智囊团”和“思想库”。
　　研究院已聘请著名经济学家、原中国社会科学院常务副院长王洛林教授担任名誉院长，康奈尔大学经济学系教授、教育部“长江学者”讲座教授洪永淼担任院长，同时聘请的学术顾问有：普林斯顿大学经济学系荣誉教授邹至庄，加州大学圣地亚哥校区经济学系荣誉教授、2003年诺贝尔经济学奖获得者Clive Granger，麻省理工学院经济学系教授、Clark奖获得者Jerry Hausman，南加州大学经济学系教授、经济学国际一流期刊 Journal of Econometrics 主编萧政，宾州大学经济学系荣誉教授、1980年经济学诺贝尔奖获得者Lawrence Klein等。
　　目前研究院拥有计量经济学研究中心、金融经济学研究中心和宏观经济学研究中心3个学术单位，其中宏观经济研究中心是教育部人文社会科学重点研究基地。研究院在条件成熟时将建立其他研究中心。
　　王亚南经济研究院与厦门大学其他学院属同一级别，拥有50个研究人员的编制。